Você precisa criar um atalho para o arquivo bat. Em seguida, clique com o botão direito do mouse e escolha as propriedades para o atalho e você pode alterar a conta que executa o atalho e, portanto, o arquivo de lote.
ATUALIZAÇÃO: A partir do esclarecimento, você deseja executar algo em "inicialização" sem fornecer uma senha de administrador. Existem várias possibilidades, dependendo da sua necessidade real. Inicialização pode significar a inicialização da máquina ou no login?
Existem várias maneiras de executar programas em horários diferentes, mas o Agendador de Tarefas é provavelmente o mais fácil. Isso permite agendar tarefas para o tempo de inicialização e o tempo de login, não apenas em uma agenda do tipo relógio.
Você encontrará o agendador de tarefas no Painel de Controle ou procure por ele no menu Iniciar. As configurações são bastante evidentes.
Se o seu programa precisar de direitos específicos para fazer algo (você não mencionou o que), é melhor criar um usuário específico com apenas esses direitos, para que haja menos risco de comprometer toda a máquina se você for hackeado. No entanto, de qualquer forma, a caixa de diálogo Criar tarefa permite executar como qualquer usuário válido e também permite armazenar credenciais no repositório de credenciais do Windows para que haja um mínimo de segurança.
Adicione um gatilho para logon ou inicialização, conforme necessário. Adicione uma ação para executar seu arquivo em lotes. Adicione quaisquer condições em que você não queira executar a ação e, em seguida, clique em OK.
Lembre-se de que, se você executar na inicialização do sistema, não terá o mesmo ambiente que ao executar localmente, verifique se o arquivo em lote usa apenas caminhos absolutos & teste-o com cuidado.
Você menciona em outro comentário que não é possível criar uma tarefa agendada com seu login normal. Se esse for o caso, você precisa fazer o login com a conta de administrador para configurar o agendamento.