Suponho que você pode adicionar um script de inicialização para verificar um número de série específico do dispositivo USB ou até mesmo um arquivo específico no pen drive (e o que você chama de dongle?) e parar o sistema se o elemento necessário não foi encontrado.
Esta página faz referência a vários arquivos de configuração e scripts usados durante o processo de inicialização. Pessoalmente eu começaria criando um script init.d que tenho certeza que está rodando no ponto onde o USB está operacional.