Se eu estivesse na sua situação, eu consideraria o uso do facl:
sudo setfacl -Rm u:1000:r /sys/class/
Onde 1000 é o UID do usuário sob o qual o conky é executado. O exemplo acima alteraria todos os arquivos em / sys / class para serem legíveis por qualquer processo executado sob o UID 1000, mas pode ser mais limitado se arquivos específicos forem selecionados.
Se você quiser que os dois arquivos mencionados acima sejam legíveis:
sudo setfacl -m u:1000:rx /sys
sudo setfacl -m u:1000:rx /sys/class/
sudo setfacl -m u:1000:r /sys/class/thermal
sudo setfacl -m u:1000:r /sys/class/power_supply
Eu também tenho uma máquina rodando um kernel endurecido pelo Gentoo e não tenho certeza de como ele lida com as listas de controle de acesso. Eu atualizarei esta resposta após o teste.
Eu também tenho o conky funcionando, mas não consigo me lembrar de como passei por esses obstáculos de permissão.