Eu encontrei o mesmo problema:
[YNQCP] 12:42:21 INFO: Puller: shortcut: chmod /some/file.name: operation not permitted
Veja também essa outra pergunta anterior sobre a questão mais geral de permitir que não-proprietários usem chmod e chown .
No meu caso, temos um único computador com vários usuários, todos com direitos de sudo. Eles compartilham uma única pasta com várias subpastas que devem ser sincronizadas automaticamente e estar disponíveis para todos. Eu chmod 777 a pasta principal e as subpastas, mas syncthing ainda reclama e tenta chmod os arquivos por algum motivo (por quê?).
Eu usei a solução hack de executar syncthing como root. Isso funciona bem, mas produz:

Estapareceserumaalternativamelhordoquetentarmexercomasconfiguraçõesdepermissões,demodoquesyncthingtenhapermissãoparachmodararquivosquenãosãodesuapropriedade.
Umasoluçãoalternativaéfazerumusuáriosincronizareconcederapropriedadedosarquivosefazercomqueoutrososusemviachmod777.
Problematambémrelatadoemoutrolugar: