Inclua PersistAllDeviceInstalls no seu unattend.xml. Ele informa ao Sysprep para não remover os dispositivos ao generalizar o sistema. Esta é uma má idéia se você estiver implantando em um hardware diferente em alguns casos, pois isso pode resultar em uma BSOD durante a primeira inicialização.
Eu encontrei este mesmo problema no ano passado, e isso foi um bug nos drivers da Intel. Basicamente, ao remover o dispositivo, ele também estava removendo os arquivos do driver do sistema. Acredito que isso foi corrigido no final do ano passado, o que está de acordo com sua experiência de que a atualização do driver resolveu o problema.