Essa essência funcionou para mim:
(desktop-save-mode)
(add-to-list 'desktop-globals-to-save 'custom-enabled-themes)
(defun desktop-load-theme () "load custom theme" (interactive)
(dolist (th custom-enabled-themes) (load-theme th)))
(add-hook 'desktop-after-read-hook 'desktop-load-theme)
Mas isso não impede que o modo de economia de desktop salve o tema no arquivo .desktop; em vez disso, restaura o tema depois de carregar a área de trabalho. Para mim é um bom joice.