Eu também tive esse problema, executando o Windows 8.1, usando o Sublime Text 3, em um Lenovo Thinkpad Yoga.
A correção é entrar nas configurações do driver Intel HD e alterar os atalhos para outra coisa. Certifique-se de que esses atalhos não atrapalhem nada que você possa usar (eu escolhi Alt + Shift + 0 e Alt-Shift + 1). Em seguida, você ainda pode desativar os atalhos e o Intel HD Driver não interferirá mais com Ctrl + Alt + Up / Down.