As duas causas possíveis que vêm à mente são softwares ruins ou fãs ruins da CPU. Já que você excluiu o software ruim, acho que o problema é causado pelo ventilador da CPU não funcionar e, portanto, pelo superaquecimento da CPU.
Acho que esse é um problema comum no VAIO. Meu cs17g vaio teve o mesmo problema e eu substituí o ventilador duas vezes antes de começar a funcionar corretamente.