Você pode usar o openssl para criptografar um arquivo:
-
Criptografia
openssl aes-256-cbc - em seu arquivo.txt -out file.enc
-
Descriptografia
abre-se aes-256-cbc -d -em arquivo.enc -out yourfile.txt
Se você quiser criptografar muitos arquivos, você pode criar um arquivo 7z com senha (ele usa uma criptografia AES de 256 bits)