As configurações para isso são armazenadas nos seguintes locais do registro:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\Shell\BagMRU
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\ShellNoRoam\Bags
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\ShellNoRoam\BagMRU
HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\BagMRU
HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags
Mas tenho certeza de que as unidades mapeadas são excluídas propositalmente dessa lista. Você pode tentar excluir as chaves do Registro listadas acima e recriar apenas as duas últimas, mas isso não funcionará. Se a unidade mapeada estiver vinculada a uma máquina Windows, você pode chegar lá por atalho e não por mapeamento e isso resolveria o problema.