Você pode conseguir isso com o PowerShell. Primeiro, você precisa procurar usuários que sejam membros do grupo novo e do antigo e, depois, removê-los do grupo antigo:
Import-Module ActiveDirectory
$group1 = Get-ADGroup "group1"
$group2 = Get-ADGroup "group2"
$UsersToRemove = Get-ADUser -Filter { (memberof -RecursiveMatch $group1) -and (memberof -RecursiveMatch $group2) }
Remove-ADGroupMember -Identity "group1" -Members $UsersToRemove