Pode haver uma maneira mais fácil, mas você pode ver o log detalhado do chkdsk se inicializar a partir de uma unidade diferente. Você não pode executar o chkdsk / r porque não pode desmontar a unidade do sistema.
Editar: agora que você me disse para o que é o windows OS, o windows 8 tem / v que informará qual arquivo está sendo verificado no momento atual.