Se a unidade não for um disco de inicialização, não importa realmente se você copiar os arquivos ou cloná-los. De qualquer forma, eu recomendaria copiar / clonar em um segundo computador que nenhum dos arquivos seja modificado durante a cópia, o que garantiria uma transição limpa.
Contanto que a letra da unidade coincida com a antiga, você não terá nenhum problema, pois os atalhos e o registro tendem a apontar um caminho no sistema operacional, não o ID real do hardware.
A clonagem de unidades é mais útil quando você precisa clonar a partição de inicialização e o sistema operacional em outra unidade, pois garante que todos os dados de inicialização estejam intactos, mas apenas para arquivos regulares, a clonagem não faria diferença.