Você não pode usar o indicador de som sem pulseaudio, pois depende do pulseaudio. Também em uma nota separada, eu acredito que pode ser possível ter uma configuração multicard no pulseaudio, mas eu nunca fiz isso sozinho, então eu não posso ter 100% de certeza (talvez alguém possa dizer como).
Quanto ao alsa-tray, você precisa colocar na lista de permissões esse aplicativo na bandeja do sistema (se estiver usando o Unity).
Veja: