Você já tentou desativar o plugin "Place windows" na configuração do Compiz? Este plugin foi responsável por um problema semelhante na minha configuração de dois monitores.
Veja também esta questão .
Estou executando um sistema rodando o Ubuntu Oneric onde eu tenho um monitor DVI e uma HDTV como minhas telas.
Eles são configurados usando o nVidia TwinView. O monitor e a TV não estão lado a lado e a intenção é arrastar os filmes para a TV e, em seguida, exibi-los em tela cheia. O problema é que as janelas geralmente abrem na TV, o que eu normalmente não consigo ver enquanto estou sentado no computador. Qual é a maneira mais simples de dizer à unidade para abrir janelas exclusivamente em um monitor específico?
Note que tenho apenas 1 conector HDMI, portanto, trocar os cabos da TV e o monitor não é uma opção.
Nota: Nem sempre é aberto desta maneira, mas por exemplo. quando um site abre uma caixa de diálogo de confirmação, ele sempre abre na TV.
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