Hmmm, no inverno passado eu li um artigo sobre F2FS
no phoronix. Ele disse que este fs foi projetado para dispositivos flashmemory como pendrives. Mas eu não sei o estado atual de desenvolvimento do projeto. Eu acho que você tem que procurar no seu wiki favorito sobre distros.
Uma outra opção é UDF
, que é usada, por exemplo, em DVDs, é suportada em linux, mac e windows. Esta pergunta de superusuário contém mais informações sobre o procedimento de formatação de um dirigir com UDF.