Você está usando 20951 de 24153. Os aplicativos não estão solicitando mais do que 3092, portanto, o kernel está usando o restante para cache e buffers. Como seus aplicativos precisam de mais memória, o kernel reduzirá o cache para acomodar os novos requisitos do aplicativo.
Ajustar a configuração do MySQL e do Apache para um desempenho ideal depende do aplicativo. Em alguns casos, como sites estáticos, um grande cache do sistema de arquivos é ótimo. Um site dinâmico, no entanto, com uma strong interação com o banco de dados, se beneficiaria de algumas mudanças na configuração padrão do MySQL.
Percona tem uma boa ferramenta para você começar a usar a configuração do MySQL. link Quando os fundamentos estiverem prontos, você pode ajustar as especificidades do seu aplicativo.
A configuração do Apache depende de quanto tráfego e do tamanho das solicitações. Sem saber nada, é difícil recomendar além dos padrões.