Se você precisa gerenciar várias versões de JREs e vários aplicativos na área de trabalho, deve dar uma olhada no Java Web Start tecnologia da Sun / Oracle. No arquivo descritor JNLP, é possível especificar que você precisa de uma determinada versão do JRE, e o Java Web Start fará o download e a instalação para você e selecionará o JRE correto para o aplicativo que você deseja iniciar.
Ele também permite que você forneça versões atualizadas dos aplicativos para os clientes.
Qualquer aplicativo Java pode ser facilmente transformado em um aplicativo Java Web Start (ele invoca um método main estático normalmente), você só precisa ser cuidadoso e específico sobre recursos e permissões externas.