Você pode fazer isso através do qt4-qtconfig. Instale-o como Eliah Kagan sugeriu. O que ele perdeu, porém, é que você tem que mudar o estilo.
Então, quando você executar qtconfig, escolha Gui Style para ser Cleanlooks (por exemplo), então salve. Reinicie o skype e as novas fontes serão aplicadas. Isso não funciona se o estilo for Configurações da Área de Trabalho.