Eu descobri como consertar isso:
Está no arquivo gnome-shell.css
do pacote do tema. Algumas definições de id precisam da definição do nome da classe:
Exemplo:
#notification {
Mude para isto:
#notification, .notification {
e alguma outra definição ... para resumir, você precisa comparar com o arquivo gnome-shell.css
em / usr/share/gnome-shell/theme
.