Se você gerou OTPs com seu YubiKey que não foram inseridos no KeePass, os contadores ficaram fora de sincronia e o OptKeyProv parou de aceitá-los.
Da documentação:
Look-ahead count. OtpKeyProv supports look-ahead windows. When a number n is specified as look-ahead count, n OTPs may be skipped and opening will still work. For example, if the OTP sequence is A B C D E F G H (where each letter represents a multi-digit OTP), 4 OTPs are required and the look-ahead count is 2, then all of the following OTP sequences will open the database: A B C D, B C D E and C D E F.
The default look-ahead count is 0, i.e. only exactly one OTP sequence will work. The higher the look-ahead count is, the less secure the protection of the database is.
Uma solução seria reinicializar seu YubiKey usando a ferramenta de personalização e reiniciar o contador OptKeyProv para 0.
Você pode querer tornar o Look-ahead maior que 0 e também pode querer tomar cuidado para não gerar OTPs fora do KeePass.