Se o aplicativo tiver um atalho para entrar no modo de tela cheia, você pode deixar o script "pressionar" esse atalho.
Por exemplo: Após o início da aplicação, espere 2 segundos e pressione ^ Não sei se há uma maneira mais elegante de fazer isso sleep 2
osascript -e 'tell application "System Events" to keystroke "f" using {control down, command down}'