Há duas partes da sua pergunta: como gerenciar vários repositórios e como fazer sua mesclagem.
Existe algum motivo para você ter dois repositórios separados no BitBucket, em vez de um único repositório com várias ramificações? Supondo que há uma boa razão, você ainda pode usar seu repositório local para sincronizar com dois controles remotos diferentes, algo como
$ git fetch repo1 branch:master
$ git fetch repo2 branch:feature
Isso criará o mestre e o recurso de ramificações locais, mesmo que as ramificações nos repositórios remotos tenham o mesmo nome. Depois de fazer o que você tem a ver com essas ramificações, você pode enviar uma sintaxe semelhante:
$ git push repo1 master:branch
$ git push repo2 feature:branch
Depois de ter cópias locais das ramificações, você poderá mesclar suas alterações com
$ git checkout feature
$ git merge master
Se houver conflitos, é melhor resolvê-los manualmente, mas se tiver certeza de que o mestre está certo, você pode adicionar a opção -s theirs
ao comando merge
.