Aposto que D usa diff | pager codificado, ou seja, modo somente leitura apenas para mostrar as diferenças. Em seguida, escolher Y ou N mantém ou substitui o arquivo inteiro. Não há possibilidade de mesclagem interativa e você não pode sobrecarregá-la. Parcialmente para esse propósito é o Z , mas você terá que fazer do jeito que você fez.
Existem md5sums de todos os arquivos no .deb , então acho que essa é a razão pela qual não existe uma opção como essa, porque a instalação do pacote falharia se o md5 não correspondesse.