Trate o link simbólico (até mesmo os links simbólicos da pasta) como o arquivo que eles são e não como uma pasta:
FOR /F "usebackq delims=" %a IN ('DIR /a:l /s /b "."') DO del "%a"
Se você está trabalhando com hardlinks, é um pouco mais difícil detectar algo como
'find "." -links +1'
no seu loop for para encontrar os hardlinks.