gcc / g++ , conforme distribuído por seus desenvolvedores, não suporta vários -arch flags simultaneamente. Apenas as versões modificadas pela Apple de gcc / g++ , por exemplo, aquelas distribuídas pela Apple com versões do Xcode anteriores à 4.2, suportam isso.
Para compilar para várias arquiteturas usando um não-Apple gcc / g++ , compile para cada arquitetura separadamente e combine os resultados usando lipo .
/opt/local/bin/gcc-mp-4.8 -arch x86_64 -o conftest-x86_64 conftest.c
/opt/local/bin/gcc-mp-4.8 -arch i386 -o conftest-i386 conftest.c
lipo conftest-x86_64 conftest-i386 -create -output conftest