Aqui estão algumas coisas a considerar.
Stock O Ubuntu não fornece um ambiente gui ou X para a conta root. Então, a menos que você tenha feito muito trabalho extra, pode não haver nenhum systray para o seu utilitário funcionar.
Geralmente, não há necessidade de os utilitários da impressora terem acesso root. Por que você precisa disso?
Se houver necessidades especiais, convém configurar um servidor de impressão em outra máquina ou em uma VM em que seus usuários normais não tenham acesso a nada, exceto às filas de impressão.