O seu .bashrc ou .profile está saindo quando não é interativo?
Estes sintomas são semelhantes aos que vi no meu sistema Mac OS Mavericks. Várias pesquisas na web mostram pessoas com problemas semelhantes. Algumas respostas (onde houve alguma) sugeriram "algo está errado com o seu .profile ou .bashrc". O meu parecia, aparentemente, correto.
O que eu finalmente descobri foi que o meu .profile estava "usando a minha .bashrc e meu .bashrc tinha um teste antigo de interatividade:
# If not running interactively, don't do anything
[ -z "$PS1" ] && exit
Mudar a "saída" para um "retorno" resolveu o problema.