A partir de um terminal Linux, você precisaria estar no diretório onde o IDA Pro está instalado e usar os seguintes flags de linha de comando.
"./ idal -B input-File"
Existem vários outros que podem ser usados em vez dos listados acima. Estes podem ser encontrados em: link
De um script python, ficaria assim:
da chamada de importação de subprocesso call (["./idal", "-B", "input-File"])