etckeeper
Uma coisa que pode ajudar é colocar os arquivos de configuração sob controle de versão para acompanhar as alterações no sistema. Por exemplo, confira etckeeper , discutido em usando o git para gerenciar / etc .
Obviamente, você gostaria de começar a usá-lo logo após uma nova instalação, e assim você poderá acompanhar e documentar as alterações como faria ao gerenciar o código-fonte. Depois você pode dar uma olhada no histórico de mudanças, extrair uma única mudança de interesse, etc ... E se o repositório for armazenado em outra máquina, ele também terá alguns benefícios de backup.