No caso do AutoHotkey, a resposta seria não. Você não teria acesso fácil às informações subjacentes contidas na janela do navegador e não pode dizer ao mouse para clicar em algo (ou seja, automatizar uma interface existente) porque não há nada para clicar ou clicar com o botão direito do mouse / menu do aplicativo / o que for.
Você não menciona qual navegador está usando ... uma opção que você pode examinar seria o uso de um script do Greasemonkey no Firefox, supondo que você possa (ou possa) usar o Firefox. O Greasemonkey oferece uma maneira de modificar o conteúdo da página antes ou após o carregamento, para que você possa alterar os links em um determinado contexto (neste caso, o contexto seria URLs associadas ao seu aplicativo da Web avançado), modificar as páginas da Web que estão sendo carregadas etc.