Seu problema não está relacionado à instalação do pacote de desenvolvimento do Python, mas como você decidiu usar a biblioteca MKL da Intel para criar o PSI4, é necessário instalá-lo adequadamente em algum lugar.
Para uma compilação do Linux, você pode selecionar a biblioteca ATLAS como indicado no Recomendações para bibliotecas BLAS e LAPACK :
sudo apt-get install libatlas-dev
Em seguida, você poderá iniciar a configuração sem nenhum problema:
../configure --prefix=/usr/local/psi4 --with-blas='-lf77blas -latlas' --with-lapack='-llapack -lcblas'
Testado em OK com psi4.0b5.tar.gz em 12.04 LTS e 13.10.