Tenho o Cygwin de 64 bits, o Ruby 2.0.0 e o gem 2.4.1 e estava passando pelo mesmo problema. gem install ... , gem update , tudo terminou com " ERRO: Ao executar gem ... (ArgumentError) sequência de bytes inválida em UTF-8 ".
Eu também tinha todos os locais definidos como " en_US.UTF-8 ".
Eu li em algum lugar que deveria ajudar a definir LANG para uma string vazia ou " C.BINARY ", mas isso não ajudou. Mas foi uma boa dica para começar a experimentar.
Finalmente, resolvi isso definindo LANG e LC_ALL como uma string vazia. Todas as outras variáveis de ambiente de código de idioma ( LC_CTYPE etc.) foram automaticamente definidas como "C.UTF -8 "com isso, LANG e LC_ALL permaneceram vazios.
Agora gem está finalmente funcionando.
Eu acho que você teve o mesmo motivo. Quando você "limpou" seus dotfiles, provavelmente alterou os valores das suas localidades.