Tente sair do Chrome / Chromium em uma máquina e faça login novamente. Você pode fazer isso nas configurações no botão Menu. Isso deve reinicializar a sincronização e, possivelmente, corrigir o problema.
Se isso não funcionar, há uma solução alternativa: use Xmarks para sincronizar seus favoritos. Como um recurso extra, ele funcionará com o Firefox e o IE também. Lembre-se de desativar a sincronização de favoritos integrada do Chrome antes de configurar o Xmarks, caso contrário, eles podem entrar em conflito e fazer algo estúpido.