Eu tenho exatamente o mesmo problema. De repente, o MPC não reproduzia arquivos MKV. Eu tentei redefinir as configurações, reinstalá-lo e atualizar meus drivers radeon. Nada. Até configurei minha placa gráfica para os relógios padrão, caso fosse o overclock. Nothing.The mesmo arquivo joga no VLC não há problema. Eu estava pronto para arrancar meu cabelo. Eu fiz uma espionagem nas configurações.
Eu fui para "Opções" > "Playback" expandiu a árvore para ver "Output". Em "Direct Show Mixer" eu mudei "Enhanced Renderer" para "Video Mixing Render 9 (renderless)". Clicou em "Aplicar", saiu do MPC e tentou abrir o arquivo novamente. Voila! Meus MKV e FLV's tocam mais uma vez!
Até agora sem problemas. Espero que isso possa ajudar as pessoas com problemas semelhantes.
Minha placa de vídeo é uma Radeon HD5770 para referência.