Você não se incomodou em citar o comentário completamente, e parece ter convenientemente deixado de fora a parte importante no final:
... its what the OS does for you fully automatically unless the programmer actively goes out of his way to make his program disrespect the user's preferences.
Com alguns (poucos) aplicativos que simplesmente aplicam imagens externas como capas / temas, se você excluir os recursos de imagem, os aplicativos podem não reclamar e voltar para a aparência padrão do Windows.
No entanto, se o programador substituir os controles de interface do usuário padrão fornecidos pelo sistema operacional e optar por usar suas próprias criações personalizadas, não há como forçar o aplicativo a se comportar de alguma forma, e tenho certeza isso não será possível 99,99% do tempo.
Uma solução alternativa pode ser usar algo como WindowBlinds junto com uma pele "Classic" do Windows (você tem que ver se existe ou crie você mesmo). Embora isso pareça redundante, ele deve ajudá-lo a remover esses aplicativos para que pareçam estar usando o tema padrão do Win98 que você preferir.