Talvez seu agente ssh seja iniciado a partir dos arquivos de inicialização do PowerShell. Provavelmente é por isso que funciona lá.
A correção mais simples é iniciar outro agente. Você pode usar o Concurso do PuTTY . Verifique aqui como configurar seu shell para configurar a conexão ao Pageant para que o ssh-add e o ssh o usem: link