O que você está basicamente procurando é um softmodem .
De algum googling básico não existe muito para o linux, mas eu encontrei este projeto que, sob sua descrição, diz que tem uma interface de placa de som que suporta.
Outra opção, se os dois computadores tiverem portas serial / parralel abertas, é usar um cabo modem nulo para conectá-los em rede. Que tem um suporte muito melhor no linux.