Problemas com direitos durante a instalação não podem ser. A execução durante a instalação do sistema operacional ocorre com os direitos SYSTEM
.
Assim, o comando net user administrator /active ...
não precisa.
Você precisará dos modelos que podem ser usados aqui:
Modelos de aplicativo no Windows Embedded Standard 7
Eu acho que não é bem a distribuição. Net 4, que é necessário.
Tente se apossar deste:
Microsoft .NET Framework 4.0 para Windows Embedded Standard 7 (dezembro de 2010)
pode ser uma ajuda ...