Sempre que um tipo de arquivo é aberto no Microsoft Notepad por exemplo, clico com o botão direito do mouse e escolho Open With...
A partir daí, eu navego, escolho o meu programa assim que o encontro e, quando o faço, aparece a próxima vez que clico com o botão direito e escolho Open With...
Assim, você precisa encontrar manualmente o programa pela primeira vez por tipo de arquivo, mas depois ele deve aparecer automaticamente em Open With...