não parece um problema com o zcat / gunzip. Você pode criar o arquivo e escrever nele?
Tente isto:
hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq
Eu estava tentando o zcat obter apenas as primeiras linhas de 1M de um arquivo .gzip compactado em um novo.
No entanto, recebo o seguinte erro:
$ zcat path/to/R2.fq.gz | head -100 >R2.fqtest
head: write error: Input/output error
Fiquei aliviado quando encontrei este tópico e tentei:
$ gunzip -c path/to/R2.fq.gz | head -n100 >R2_test.fq
Mas recebo o mesmo erro novamente
head: write error: Input/output error
Alguém sabe o que pode estar acontecendo e como corrigi-lo?
obrigado! Carmen
Editar >
Como solicitado, digitei o seguinte depois de receber o erro
tail /var/log/syslog
e obtivemos
tail: cannot open '/var/log/syslog' for reading: No such file or directory
não parece um problema com o zcat / gunzip. Você pode criar o arquivo e escrever nele?
Tente isto:
hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq
Por favor, tente e publique os resultados de:
head -n 10 /proc/cpuinfo
echo test | gzip -3 | zcat
echo test > R2.fqtest
O objetivo aqui é primeiro testar a operação adequada de head , depois a operação adequada de zcat e, em seguida, a capacidade de gravar com êxito em R2.fqtest .
Desde que você declara que tudo funciona conforme o esperado até a tentativa de gravar em R2.fqtest, que não gera um erro, mas também não mostra os dados que você escreveu, há algo estranho com esse arquivo ou sistema de arquivos subjacente. Um outro processo escreve, bloqueia ou gira esse arquivo? Como é a linha fstab para o sistema de arquivos em questão? Você pode desmontar e fsck o sistema de arquivos em questão? Você vê erros nos registros da unidade física subjacente a esse sistema de arquivos?
Então, este é um problema de não ter espaço em disco suficiente!
Obrigado, eveyone!
Carmen