Eu tive um problema semelhante e este tópico em Ask Different.se me ajudou a resolvê-lo. Em vez de criar um novo script chamado MyMinecraft como uma resposta sugerida, modifiquei o carregador Java.
Primeiro, fiz o backup do arquivo JavaApplicationStub. Então eu criei um novo script com o mesmo nome e editei o conteúdo para:
#!/bin/bash
java -jar -Xms512m -Xmx1024m /Applications/Minecraft.app/Contents/Resources/Java/MinecraftLauncher.jar
Em seguida, tornou esse arquivo executável para todos os usuários:
chmod a+x JavaApplicationStub
Isso permitiu que o Minecraft fosse carregado para mim sem o prompt.