Você pode usar a tecla l para alterar o número máximo de linhas estáticas por classe de recurso enquanto o superior estiver em execução. Então
- executar
atop - pressione
l - pressione
enteraté que peçaMaximum lines for disk statistics(o padrão é5lines max) - defina grande o suficiente para mostrar todos os seus discos
Feito.
Veja a página man no link para mais detalhes.