Se eu entendi corretamente, você tem uma pasta do Google Drive sincronizada com a nuvem, mas o programa do Google Drive não sincroniza as alterações feitas no seu computador, então você tem um instantâneo desatualizado do seu trabalho na nuvem do GDrive.
Já tentou desinstalar a aplicação Drive, mover o conteúdo da pasta da unidade para uma localização diferente no disco rígido, reinstalar a aplicação, copiar (para manter um backup do trabalho atualizado) o conteúdo voltar para a pasta recém-criada e deixar o aplicativo indexar o conteúdo novamente? talvez isso permita que você envie apenas os arquivos alterados.
A propósito, existem muitos programas que permitem a comparação de arquivos e pastas. Sua eficácia depende do tipo de arquivos e seu tamanho. Um desses programas é o open source WinMerge , que, eu acho, não suporta a substituição, mas apenas lista os arquivos alterados. Há também o Microsoft SyncToy , gratuito para download.