Parece que é possível fazer isso funcionar colocando algo como o seguinte em ~/.muttrc :
set folder=~/Maildir
set mask=".*"
Isso parece funcionar muito bem até que você acidentalmente subiu um nível acima, de ~/Maildir/ para ~/ e, em seguida, passando pela lista de volta para ~/Maildir/ parece sempre levar você à caixa de entrada, com c ? list não permitindo mais que você veja nenhuma pasta abaixo de ~/Maildir . Mas enquanto você não for .. , isso parece funcionar muito bem.