Eu diria que a solução mais fácil seria colocar a chamada em hdparm
in /etc/rc.d/rc.local
.
/etc/rc.d/rc.local
é chamado antes que o gerenciador de janelas (por exemplo, o KDE) seja iniciado. Como seu arquivo de configuração está localizado no local padrão onde hdparm
parece, isso deve funcionar bem.