O applet do gerenciador de rede não é necessário para que a rede funcione, pelo menos quando a conexão é configurada como uma conexão do sistema (disponível para todos os usuários).
O applet é iniciado no login para cada usuário a partir de /etc/xdg/autostart/nm-applet.desktop
, mas só começa com sucesso para o primeiro usuário que faz o login.
Você pode evitar iniciar o applet (removendo o arquivo acima do início automático), e apenas iniciá-lo quando necessário, depois matá-lo quando terminar.