Não sei por que o dispositivo /dev/clipboard é problemático para você, mas sei que o uso dos utilitários putclip e getclip deve ser capaz de lidar com o trabalho. Eu os uso regularmente com vários megabytes de dados e nunca tive problemas.
$ cat large.txt | putclip
$ getclip | wc -c
8665361
Eles vêm com o link cygutils package