A parte do Windows: A configuração é armazenada no registro local do sistema operacional, não na própria unidade, portanto, o Linux não pode saber sobre isso (testado em minhas máquinas com o Windows XP e 7). Mesmo se alguma distribuição do Linux salvasse a configuração na unidade, o Windows não se importaria com isso.
No entanto, não sei onde o Linux salvaria a configuração.