Para adicionar um tipo de resposta:
Eu não resolvi o problema, mas obtive mais dados empíricos. O sistema de arquivos de fusíveis sobrepostos que combina a imagem original de CD / DVD e a partição r / w-ext2 não manipula muito bem as exclusões (especialmente se não forem arquivos, mas as pastas são excluídas), nem lidar bem com muitos arquivos ser substituído por novas versões. O estado combinado tem essencialmente de ser mantido em um disco RAM que pode limitar seriamente a estabilidade do sistema se não houver memória RAM suficiente para conter todos os arquivos. Normalmente, você também não tem uma partição swap em um pendrive.
Meu conselho: não use o sistema de persistência para atualizar todo o sistema operacional. Não use para sistemas de produção.